智珠寺位于北京东城区景山后街嵩祝院23号，毗邻清代章嘉活佛驻地嵩祝寺。
智珠寺始建于乾隆二十一年（1756），与旁边的嵩祝寺、法渊寺共同组成清代北京城内最重要的藏传佛教圣地。
清康熙五十一年（1712），康熙皇帝选明代印经厂地址敕建嵩祝寺送与二世章嘉活佛。此后，嵩祝寺成为历世章嘉活佛在北京的主要驻地。乾隆年间，嵩祝寺侧建立起智珠寺和法渊寺。
智珠寺坐北朝南，共有六重殿宇。第一进为山门和钟鼓楼，第二进为天王殿，第三进为重檐四方殿，第四进为净身殿，第五进为后殿，殿后有二层楼，两侧建有配殿和廊庑，规模浩大，结构严整。现存建筑为山门、天王殿、重檐四方殿、净身殿和后殿，两侧还存有部分配殿和廊庑。山门是智珠寺的大门，砖木结构，筒瓦硬山顶，面阔三间，门楣嵌有乾隆御书“敕建智珠寺”汉白玉石额，原物已不存，现匾额为后配。
山门内为天王殿，为供奉护法天王的殿宇。大殿为砖木结构，面阔三间，进深五檩，单檐筒瓦歇山顶，檐下施三踩单昂斗栱。正立面中开汉白玉拱券式大门，两侧各设一汉白玉石雕半圆假窗。背面中设四扇槅扇门。
天王殿后是智珠寺的主体建筑——重檐四方殿，殿名已不可考。大殿平面呈方形，砖木结构，进深、面阔均为三间，四周出廊，重檐四角攒尖顶，上为砖宝顶。上檐下施五踩单昂斗栱，下檐施三踩单昂斗栱，额枋下有雀替，部分额枋留存有旋子彩画。
重檐四方殿是智珠寺修复工程的重点。该殿1961年曾着过一次火，屋顶损毁较为严重。不同于以往的修复，殿宇部分保留了不同时期的改造痕迹，外观古朴甚至有些破败，充满历史的印记。
维修工程用了三年时间，使用旧材料、旧工艺逐步修缮，最大程度保存原有建筑构件，确保这座二百六十余年的古建筑平安走向下一个百年。正因此，2012年，智珠寺古建筑群保护工程作为亚太地区古迹保护的典范，获得“联合国教科文组织亚太地区文化遗产保护奖”。
清代，包括智珠寺在内的嵩祝寺、法渊寺建筑群自建成起即为蒙古活佛章嘉呼图克图在北京的驻地。因为清廷对藏传佛教的重视，这里也逐渐成为清朝宫廷的一个组成部分。民国时期，章嘉活佛仍居住于此。20世纪50年代，智珠寺建筑群停止宗教活动，先后被盲人橡胶厂、东风电视机厂占用，嵩祝寺、法渊寺建筑遭到拆除，其中法渊寺完全消失。1991年，东风电视机厂同牡丹集团合并，文物建筑被长期用作车间、库房，损毁严重。
1984年，嵩祝寺及智珠寺被北京市政府公布为北京市文物保护单位。2008年，智珠寺建筑群得到了保护与修缮，寺院内不影响文物安全的厂房建筑被保留下来，作为智珠寺历史变迁的载体展示给世人。如今，智珠寺变成了集文物保护单位、餐厅、艺术展览地为一体的创意文化场所。它北边的嵩祝寺则成了丝绸协会的办公区。2019年，智珠寺被国务院公布为第八批全国重点文物保护单位。