苑景区的精华基本上在湖泊区，康熙曾夸耀说，“天然风景胜西湖”。由于洲岛错落，湖面被长堤和洲岛分割成5个湖，各湖之间又有桥相通，两岸绿树成荫，山庄主要的风景建筑又都散落在湖区的周围，因此显得曲折有致，秀丽多姿。
湖泊区位于山庄东南，面积49.6万平方米。有大小湖泊八处，即西湖、澄湖、如意泅、上湖、下湖、银湖、镜湖及半月湖，统称为塞湖。[26] 湖区的风景建筑大多是仿照江南的名胜建造的，如“烟雨楼”，是模仿浙江嘉兴南湖烟雨楼的形状修的。金山岛的布局仿自江苏镇江金山。湖中的两个岛分别有两组建筑，一组叫“如意洲”，一组叫“月色江声”。“如意洲”上有假山、凉亭、殿堂、庙宇、水池等建筑，布局巧妙，是风景区的中心。“月色江声”是由一座精致的四合院和几座亭、堂组成。每当月上东山的夜晚，蛟洁的月光，映照着平静的湖水，山庄内万籁俱寂，只有湖水在轻拍堤岸，发出悦耳的声音，“月色江声”的题名便是由此而来。
湖泊区集南方园林之秀和北方园林之雄，将江南园林的景观移植到塞外。区内湖泊总称“塞湖”，总面积57公顷。