阿勒泰地区的自然土壤有山地土壤和平原土壤两大系列。山地土壤系列自高山到山麓依次为高山寒漠土、高山草甸草原土、亚高山草甸草原土、山地棕色针叶林土、山地灰褐色森林土、山地黑钙土、山地栗钙土、山地棕钙土。平原土壤系列从山前由北向南依次为棕钙土、淡棕钙土、灰棕漠土和风沙土。