妙因寺初建于明 正德六年（1441），是元末平章政事脱欢后裔鲁土司管辖区内的主寺。它与东大寺、西大寺、古城寺、尕达寺（石屏山尕达寺）、宣化寺、塔尔寺、宗家寺、显教寺等8座寺院组成了一个庞大的寺院群。经清代三次扩建，成为青海、甘肃藏区和内蒙古一带颇负盛名的藏传佛教格鲁派寺院。
主殿是多吉强殿（金刚持之意），其次是格尔衮殿（多吉强护法）、嘛尼殿、却典拉章（塔尔殿）、德松桑吉殿（万岁殿）、措钦堆康（大经堂）、池康（禅僧殿）、琼拉昂（鸾王殿）等，均规模宏大、富丽堂皇。此还建有外地活佛昂欠多处。据藏文史籍记载，清康熙时，达赖六世被统治西藏的蒙古和硕特首领拉藏汗废黜后，在云游途中曾于妙因寺后的宣化寺下榻，得到当地鲁土司的热情相待，他在这里宏扬佛法，被称为达宝佛。寺内原设扎仓（学院）两处，分别研习佛教哲学和密宗学科，培养了一批高僧，还曾邀请松巴佛、土观佛、华锐饶布萨等著名学者来此寺讲学，使妙因寺成为连结西藏、内蒙古两地纽带上的一颗明珠。该寺原为永登县所属寺院，1956年连同赛什斯等地划归天祝县，现今为甘肃省永登县管辖，所在地址为甘肃省永登县 连城镇 。
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