喀纳斯湖列居中国淡水湖第三，湖泊两侧崖岩林立，断层痕迹清晰；湖泊平面上北侧呈北东向，南部形态呈北东南西相互交织的锯齿状，是第四纪冰川和构造断陷共同作用的结果。喀纳斯湖是中国唯一的北冰洋水系，湖水来自奎屯、友谊峰等山的冰川融水和当地降水，从地表或地下泻入喀纳斯湖。