北京大兴国际机场中，出境时采用“海关+安检，一次过检”的工作模式，出境旅客只需提交一次行李、接受一次检查。而且柜台后方的新型X光机体积更小，海关关员将远程对过检行李进行检查。进出境手续简化、流程更简便。
在入境环节，海关设置了30多台国内一流的智能检疫查验设备，无需接触即可在几秒钟内实现采集旅客体表体温、判定放射性物质携带情况等多项信息。如遇需要隔离的旅客，可通过海关卫生检疫专用电梯，将其转移至国内最先进的“双负压”隔离室，有效防止疫情疫病传入境内。