那曲市的中心区是色尼区，2017年设立了以原那曲县的行政区域为色尼区的地级市，色尼区人民政府驻那曲镇文化西路26号。
那曲市辖原那曲地区的聂荣县、安多县、巴青县、索县、比如县、嘉黎县、尼玛县、班戈县、申扎县、双湖县和新设立的色尼区。