洪河自然保护区属三江沿江温带湿润气候，具有明显的温带季风气候特征，冬季漫长，严寒多雪，春季风多雨少，夏季炎热，秋季短暂，年平均气温1.9℃，最冷月份平均气温-23.4℃，最热月份平均气温22.4℃，极端最低气温-39.1℃，极端最高气温40℃，≥10℃有效积温2165—2624℃，日照时数为2356小时。年平均降雨量为585mm，50%-70%的降水集中在7-9月份，暴雨多集中在夏季，最大日降雨量可达75mm。多年平均蒸发量为1166mm。全年多西北风，植物生育期多西南风，年平均风速为4级，最大风速可达24m/s。全年冻结期为7个月左右，沼泽植被冻层深80-160mm，最大冻土层深为2.0-2.2mm。一般早霜出现在9月下旬，终霜出现在5月中旬，无霜期114-150天，多年平均无霜期为131天。
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