赛里木湖湖面海拔2 073m，湖泊面积458km，湖泊补给系数为3.1 左右，是中国西北内陆湖泊中补给系数最小的一个流域。赛里木湖最大水深92m，平均水深46.4m，储水量约2.1×1010m。湖区四周群山环绕，并有冰川存在，构成封闭的高山盆地水系。湖面年平均降水量约450mm，多集中在4—8月。