贝加尔湖有色楞格河等336条大小河川注入，汇水面积为55.7万平方千米。叶尼塞河支流安加拉河由此流出，湖中有27个小岛，因未受第四纪冰川覆盖，湖中仍保留着第三纪的淡水动物，著名的有贝加尔海豹、凹目白鲑、奥木尔鱼、鲨鱼等。该湖是俄罗斯的重要渔场，对该地区气候有较大影响。