经过几代喇嘛的辛劳，指云寺僧房多达二十四院，喇嘛一百多人，解放前夕还有五十九人。高底错落的寺庙僧房建筑群，宛如一座山城，座落在青山绿树之中，碧海银波之滨，成为僧房最多的一个寺。雕凤的山门斗拱，繁密华丽，五彩缤纷，是清代高超的工艺。进入山门，扑入眼帘的是雄伟壮观的大殿，“指云法雨”四个斗大的白底黑字，悬挂在二层殿上，是清末七十岁的知府李盛卿所写，笔力遒健，颇有大家之风。