工部祠位于杜甫草堂内，是五重主体建筑的后一重，也是重要的一重。因为杜甫在成都时，曾被严武表荐为检校工部员外郎，所以后人尊称他为杜工部，将纪念他的祠宇称为工部祠。工部祠前有清人何绍基撰写的对联：锦水春风公占却，草堂人日我归来。工部祠内，正中设杜甫神龛，东西两侧分别是南宋诗人陆游和北宋诗人黄庭坚。殿内还存有两通杜甫石刻像，正中是明人何宇度所作，刻于万历三十年（公元1602年），石刻把杜甫刻得体形丰满、气度雍容。另一通是清朝人张骏临摹南熏殿本所刻“诗圣杜拾遗像”。石刻之杜公像面容清癯，目光深沉。把诗人颠沛流离、忧国忧民的满腔愁肠表现无遗。除此之外殿内还有两通杜甫草堂石刻全景图，分别为清乾隆五十年（公元1793年）和清嘉庆十六年（公元1811年）所刻，石刻清楚地勾勒出当时的杜甫草堂风貌。