博物馆馆藏主要以红山文化为主，展厅共分三层。地下一层为场景复原区，该区生动地再现红山先民们生活、打猎、祭祀的场景；地上一层是石器展厅，这一展厅主要介绍了新石器时代生活所使用的石器，并展示了石器是如何制作加工的；地上二层是陶器、骨器、玉器展厅，这一区域的藏品涵盖了当时人们生活各方面的器具。