庙体出自唐山名匠之手，有深具艺术造诣的各类雕塑，寺中并典藏有现存较早的碑迹—沈有容谕退红毛番韦麻郎等碑，陈列于二楼清风阁文物馆中供民众参观。另有清乾隆皇帝御赐题“与天同功”的金匾可供凭吊，俱为珍贵的历史文物而澎湖群岛中的主岛大山屿，便因建有“妈祖宫”而得名“妈宫”，后因日人在1920年改称“马公”而沿用至今，此地即名“马公市”。