始建于明万历年间，原本为明代会元许獬的书斋，清康熙年间清兵攻下金门，并将其改建为清兵总署衙门。现存的总兵署为典型的四进式两廊式闽南四合院，保留了头门、大堂、川堂、厢房等传统格局。室内展示了各式各样衙门总兵署的相关文物以及旧时关押犯人的地下牢房，室外有古榕，枝繁叶茂，苍劲参天，仿佛在诉说那些过去的时光。