设立于2011年1月，命名菌宝贝是取台湾闽南语发音”很宝贝”的谐音，蕴涵菌的"宝贝或宝藏"的意义。 设立的初衷，是有感于一般大众对于生活周遭无所不在的微生物仍知半解，甚至排斥与恐惧，希望借由菌宝贝博物馆设，让大家对微生物世界能有更进一步的认识，同时了解到，在大自然环境中并不一定都是坏菌，也有各种对人类有益的宝贝菌。