孤山玛瑙寺，因为建在“质地如玛瑙般”的山坡上，而命名为此，很早为五代时期的吴越国王修造的寺院已经不复存在，如今的古建筑是清朝同治年间的遗存，山门、园林、厢房都保存至今，更有新的亭台楼阁围绕，莲花池畔点缀，青砖铺地，饶有韵味，据说近代在重修的时候，诸多学者发现这里“台阶是明朝的，柱子是宋朝的”，都大为感慨，认定玛瑙寺是见证千年历史的重要遗迹。