马祖故事馆就是马祖日报社的报史馆，这里展示了有关马祖地区的历史记录、新旧对比，以及马祖独特的故事和人文历史，让游客感受到这里和台湾不一样的味道。故事馆一楼展示了传统铅印厂房设备、器材及报纸印刷过程，摆设了数百个很多年轻人从未见识过的铅字，同时还有影像设备不定时播放马祖“战地政务”时期的风貌。二楼展馆通过资料介绍、票证实物和老照片，展现了1949年至1992年43年间马祖各个时期的生活风貌。