该公园横跨長崎県，位于九州西北部，从佐世保的九十九岛一直延续到生月岛和平户岛、五岛列岛，由大小不一的400多个岛屿构成的多岛海洋景观是这里的特色。在这里还可以观赏到各种各样的火山地貌和地质。与各种各样的地貌相对应还形成有多样的生态系统。