扶余博物馆在1929年成立的扶余古籍保存会为开始，到目前为止，已保存了将近80多年的历史。此前，博物馆包括忠南西部地区的史前文化在内，特别对保存和管理百济文化遗产尽了中心作用。除此之外，通过展示和调查研究遗迹、文化教育、国际交流等多种活动，正在为广泛宣传百济的历史和文化而做出努力。