云岩寺主要分为两个部分，一部分是云岩寺本寺，另一部分是在云岩寺后方三个高耸的喀斯特石峰上的建筑。云岩寺本寺一共有四重殿宇，最精致的当属飞天藏殿。大殿修建于南宋，重檐歇山顶，是严格按照营造法式规制所建。殿内有一明代木质转轮经藏（又称飞天藏），藏身中间立有一根直径为0.5米的大圆柱，圆柱的下端固定于地坑中形如铁鹅台桶子的六角藏针上（名叫“寿山佛海”），上端则包在梁架之中。

名虽为寺，但他却是个道观，其实，寺这个字在秦汉时期本是政府部门，类似于今天的司，只是佛教大兴之后很多人忘却了它的本意。寺中所藏飞天为国内仅存木本转轮经，弥足珍贵。