据《甘州誌》记载，西来寺始建于隋朝，明代重建，寺内最早建筑为慈云精舍，康熙年间有一番僧住寺修持，后抵京受赐释号普觉静修国师，并赐敕书和银印，红字藏经一百零八部，令统管甘州番汉僧，康熙五十一年将慈云舍改为寺院，普觉静修国师发心扩修寺院，修藏经楼五间，工程善未完工，国师圆寂。嘉庆年间平西郡王纳尔素统兵平乱，闲暇时观光此寺，叹息修建中途停工，即慷慨赐金银续修，并赐盛名西来寺，遂沿用至今。新中国初期，寺内尚存唐代建筑壁画塑像藻井等古物，后尽皆被毁，只剩现存这块佛地和残缺破烂的藏经殿。眼前所见皆为重修重建。不知当年赐名西来之意，佛法西来抑或是西来接引，几百年风雨，净土依然，极乐长在，只是，娑婆沉浮，不知何止。

西来寺始建于明代。其前身是慈云精舍，为普觉静修国师阿札木苏所创，康熙五十一年 （1712年）改建为寺院。原由大殿、配殿、天王殿、观音殿和藏经楼等建筑组成，是一座规模宏大的藏传佛教寺院。现存观音殿、藏经楼和配殿等，东配殿内有藻井。