大雄宝殿是厦门南普陀寺的主体建筑，大殿是寺院僧众早晚课诵和法会朝拜参修的殿堂，大殿正中供奉三世尊佛高大塑像，殿后供奉西方三圣（阿弥陀佛、观音菩萨、大势至菩萨），整体庄严肃穆，众多的善男信女络绎不绝的到此烧香参拜，香火异常鼎盛。

大雄宝殿是南普陀禅寺的核心建筑之一，样式古朴端庄，它始建于唐代，现有建筑是清代重修，肃穆庄严，宗教氛围浓郁，前来进香的信众络绎不绝。