南普陀寺是观音菩萨的道场，大悲阁是必须要朝拜的，里面有四面千手千眼的观世音菩萨。观音菩萨每个手里面都拿着不同的法器，你想求什么可以解决各种有求必应。 大悲阁是高于大雄宝殿的，好像不多见啊，因为这是施琅将军收回台湾以后专门兴建的，施朗将军信奉观音菩萨，传说他曾被观世音菩萨所救，他逃到一座旧房子里面，默念观世音菩萨，外面的蜘蛛网结满，封锁了门。追兵就以为里面没有人。关于大悲阁里面的屋顶结构就如同蜘蛛结网是不是靖海侯施琅将军特意而为？

大悲殿是南普陀寺内最有特色的建筑，坐落于大雄宝殿之后。大悲殿是座八角亭式建筑，始建于明代，1930年重建，殿内供奉四面观音佛像。