玉皇阁位于巍山古城东北隅。始建于明代，清同治八年（1869年）毁于战乱，清光绪二十六年（1900年）重建玉皇阁，它是巍山清代建筑中规模较大的殿宇。玉皇阁与文华书院并存，分立左右。玉皇阁由山门、前厅、中厅、大殿共四进三院及两厢组成。其大门为三开间单檐歇山顶牌楼式建筑，前檐装饰华丽，后殿建于月台上，重檐歇山顶，门窗雕工精细。