泉州市舶司遗址位于鲤城区，据道光《晋江县志》记：市舶提举司在府治南水仙门内。有关方志记载：南薰门在市舶司之旁。即今泉州市内水门巷竹街南薰门遗址西北，西到水仙宫，东到三义庙，北到马坂巷洪厝山。 泉州港兴于唐，盛于宋元，衰于明中叶。北宋元佑二年（1087年），朝廷设立福建市舶司于泉州。尚续到明朝成化八年（1472年），市舶司才迁往福州。福建市舶司在此的四百年间，管理着泉州诸港的海外贸易及有关事务。

2019年，由中国社会科学院考古研究所、福建博物院、泉州市海上丝绸之路申遗中心联合组成泉州城考古工作队，开始对泉州市舶司遗址进行探寻发掘。考古发掘工作揭露出了铺砖地面、石墙、石墩等宋元时期建筑基址，出土了脊兽、花卉纹瓦当等建筑构件以及青瓷等陶瓷器，进一步确认了该建筑群为泉州市舶司遗址。