南头古城博物馆展现了深圳1677年城市史，展出了300多件文物，叙述了从东晋咸和六年（公元331年）起源的深圳城市史。陈列主要分两大部分：一为室内陈列，以南头古城的历史变迁和人文历史为背景，全面展示深圳的城市发展史、抗击外敌侵略史。第二部分为古遗址区、古城区、古建筑展示，大量文物古迹和历史建筑，体现出昔日古城的繁荣和热闹的景象。