灵通山地质科普博物馆内设有电子地理模型展区、科普演示展区和动物标本展区等功能区，主要利用了图片、文字、解说、实物标本等形式，展示了地球演化历史以及灵通山地质公园的地质景观、地质发展史、生物多样性、人文景观和社会环境等。