佐海黑教寺创建于藏历第一胜生之前的水虎年，距今有900年的历史。该寺的创建人是则秀上师珠旺顿尼夏普尔，尊称为大禅师雍仲嘉参。佐海黑教寺修持的教义主要是西藏原始宗教苯教祖师辛饶导师的立说“九乘教法”、《四门》、《五藏》以及其他内外密诸法。