敦煌民俗博物馆整体建筑采用敦煌民间传统的具有防匪、防盗、防风沙作用的古堡式建筑。为敦煌民居建筑中较流行的四合院形式，建筑风格古朴、典雅，木结构精雕细琢，宽敞明亮，室内陈设多样朴实，是集中反映户主文化生活和敦煌民间建筑风格的重要场所。馆内共有各类古建筑风格的房舍126间，充分展现了敦煌地方的民间习俗。