博物馆的一楼主要是历史的变迁，以及汶上的位置和古迹、历史人物等，二楼主要展出了寶相寺的建设、佛牙的流转、发现及舍利的陈设，非常值得。

1999年—2007年博物馆基本陈列为《汶上出土文物通史陈列》、《太子灵踪塔宫佛教圣物展》、《石刻拓片展》等系列;2007年我县对博物馆展厅进行高标准设计调展，基本陈列为《文明曙光》、《教化中都》、《佛教传入》、《同朝四尚书》、《运河枢纽》、《塔宫圣物》等系列，陈列面积1000多平方米。