天主教徒的禁教令解除后，获得宗教自由的浦上信徒首先制定了建立教堂计划。由于资金难以筹措，在计划出台20多年后的1895年，才真正开始建设教堂。在1914年，建成了日本首屈一指的砖结构罗马建筑风格的大圣堂，并举行了奉献教堂仪式，当时被称为“东洋第一大圣堂”。 在1945年的原子弹爆炸中，装有法国祈祷钟的正门双子塔损坏殆尽。由于爆炸气浪的冲击，祈祷钟也连钟楼一起被连根拔掉。现在的建筑物经过1959年的重建，在1980年又重新装修完成瓷砖结构。其周围布置有原子弹爆炸遗址的石像，经受了原子弹爆炸气浪冲击的祈祷钟，现今仍每天三次定时报时。