济州牧官衙的建筑结构一直得到很好的修缮和保护。在20世纪90年代，前后四次挖掘，努力重建济州牧官衙。在挖掘过程中，大量追溯到耽罗时期的历史遗物被发掘，而且古济州牧官衙规模和分布也等到确凿考证。基于这些信息和历史记录，遗址在1999-2002年间重新修建。