上海市文物保管委员会于1960、1966年两次发掘，出土有新石器时代良渚文化遗物及唐、宋、明、清各代文物，分布于5个土层。这些文物的出土为研究上海地区的成陆和发展提供实物资料。1977年遗址列为市级文物保护单位。马桥古文化遗址含3层不同时代的文化遗存 ：上层为春秋战国时代印陶文化遗存；中层出土大量商代石、骨、陶器，为太湖地区早期印陶文化的典型遗存，被命名为马桥文化；下层发现新石器时代建筑遗迹和墓葬，为距今4000年的良渚文化遗迹。文化遗存下面还有一条贝壳沙带，说明遗迹所在地是古代海岸。遗迹的发现对于研究上海地区古海岸位置和成陆年代具有重要意义。