敕建天后宫建于清乾隆五十三年（1788年），由嘉勇公福康安奉乾隆皇帝之诏敕建，当时为区别于湄洲岛妈祖祖庙称为“新天后宫”，但鹿港本地已有天后宫，因此民间又俗称其为“新祖宫”。