三清殿是平遥清虚观的主殿，座落在纯阳宫北，两建筑紧相贯连。三清殿于明万历年间重建，位居中院北面，面宽五间，进深九椽(一说十一椽)，屋的顶式为单檐歇山。木作四檐斗拱五踩，补间一攒，内、外檐斗拱相同。拱眼壁上悬塑龙凤。殿顶琉璃方心、剪边。殿内梁枋间有“大明万历二十八年(1600)重修”题记。殿内神台上原有“三清真人”、“二十八宿”神像等泥塑，现已荡然无存，仅殿内西侧竖记述元代建殿蒙文碑一通。