琼山邱氏祖祠是二进院落式，三开间（中间明堂、左右厢房），硬山顶，正门门框上方有两个方形篆刻户对，门楣上面挂有石匾，上书“琼山邱氏祖祠”黑底金字，门口楹联“尚书宰相门第，理学经济名家”。