西印度群岛综合档案馆建于菲利普二世时代，1781年成为公共档案馆。是有关殖民时期美洲历史的较大、较重要的文献汇集地。馆藏文献中包括关于哥伦布的珍贵手稿和资料，麦哲伦、埃尔南·克尔特斯等人的手稿和文件。不仅如此，存放在西班牙其它几个城市的有关美洲的档案也全部被转移存放在这里。西印度档案馆已被选为世界文化遗产。