该寺原址在衢山岛，旧名“蓬莱院”，创建于后晋天福五年（940年），迄今已有千年历史。宋治平年间赐今额，改名“祖印”。嘉熙年间，邑令余桂迁寺至今址，与原普陀山接待寺合并。元至元年间，高僧山宁开法祖印，继有密庵禅师住持该寺，弘扬禅宗佛法，声誉鹊起，香火鼎盛。祖印寺曾数毁数兴：明初废县毁寺，香火中断；宣德年间重建，正统年间又遭火焚；成化年间再重建。清初，岛民内迁，城垣尽毁，寺院殿宇亦毁于兵燹，四周房舍无存瓦片寸椽，惟大雄宝殿巍然不动，时人传为神异。康熙年间定海总镇兰理募资修复；同治年间住持僧云岫禅师又募资扩建；宣统年间邑人朱葆三捐资再重修。现存山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿、钟楼、东西厢房计有面积二千三百平方米，占地五千多平方米。除正山间系近年重建外，其余皆为清朝建筑。

祖印禅寺规模宏大，历史悠久，是舟山市重点文物保护单位和省级重点寺院，素有“翁洲第一古禅林”的雅称。现址位于浙江省舟山市城区中心——定海城关昌国路98号。现存寺院在中轴线上依次排列的有山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿，在中轴线左的有鼓楼、厢房、斋堂等，在中轴线右的有厢房、钟楼。全寺建筑面积为2212平方米，占地5125平方米。除正三间系近年重建外，其余皆为清代建筑。