黔东南州博物馆的建筑形式颇有民族特色，中间的塔楼采用侗族鼓楼重檐形式，东西塔楼采用苗族吊脚楼形式，以外观来强调黔东南是“苗侗之乡”，整个博物馆由“黔东南概貌馆”、“少数民族风情馆”、“少数民族服饰馆”、“龙舟馆”和“现代民间工艺美术馆”等主题馆组成。三楼、四楼是主要的展览区域。由于黔东南的主要人口构成是苗族和侗族，所以博物馆里核心的是“少数民族风情馆”和“少数民族服饰馆”中的苗族和侗族展厅，这两个馆通过图、表、实物按历史、不同分支、习俗等作分类，陈列了很多反应苗、侗两族日常或难得一见的各种实物，对苗族和侗族的文化、传统、历史等都进行了很好的展现。