三元宫位于大长山岛三官庙村，始建于明末清初，后来被毁。现在的三元宫是现代新建的，为辽南地区较大的道家宫观。三元宫为仿古式建筑，分前、中、后三进院。三元宫的“三元”是根据上关日赐福、水关日解祸而来。庙门前有高5米的宝鼎，前院中间是观音殿，东侧是关帝殿，此外还有八仙殿、三宵殿、药王殿、龙王殿、妈祖殿等。藏经阁位于三元宫的较高处，是欣赏海岛风光的较好去处。每天清晨6时，在岛上镇区内都能听到从三元宫的钟楼里传出的钟声。