松本城的前身是深志城。室町时代初期，足利尊氏的家臣小笠原贞宗任信浓守护时，建筑了此城。天文17年（1548年）甲斐的武田信玄击败林城的小笠原长时，将此地作为从东信浓挺进北信浓的据点。深志城的规模渐渐扩大，这段时期木曾义昌、小笠原贞种、小笠原贞庆、小笠原秀政分别担任过深志城的城主。武田氏没落后，继承父祖之地的小笠原贞庆，将深志城改名为松本城。