古代出云历史博物馆就在出云大社的东面，是园林大师三谷徹的作品，其于2007年3月10日开馆。馆内展品多以传承出云乡土古代历史文化为主题而设置，大部分都是些出云的历史文物，例如荒神谷遗迹出土的国宝铜剑、铜矛，加茂岩倉遗迹出土的国宝铜钟、卑弥呼女王的镜子等等。