万寿岩遗址博物馆位于三元区万寿岩遗址保护区内，馆藏各类石制品及哺乳动物化石3000多件，可以全面了解万寿岩遗址时代的发展脉络，并为研究台湾史前文化与大陆渊源关系提供了实物依据。