千佛院的前身是元化寺，为高僧于法兰、于法开师徒所建立，是与江南第一大佛同时代修筑的又一处石窟。元化寺到齐永明三年（公元485年）开始开石窟，造千佛。比僧护到石城还早一年。石窟成后改寺为千佛院，会昌年间毁。后晋开运三年（公元946年）重建。宋大中祥符改七宝院，明洪武十五年（公元1382年）复名千佛院。