台南濱海地區的紅樹林保護區，此處因生態環境保護良好，所以在此處形成以紅樹林樹種為主的林帶，還有多種保育類的生物，最吸引人之處就是搭乘竹筏穿梭在紅樹林自然形成的綠色隧道中，欣賞種類繁多的潮間帶生態。

位于台南安平的四草湿地保护区是台湾二处国际级湿地保护区之一。四草湿地保护区拥有全台湾最古老的红树林树群（五梨跤、水笔仔、榄李、海茄苳、红茄苳），还有土沉香和台湾海桐等百年的老树。 除了丰富的树种之外，还有三大类鸟： 留鸟、候鸟和过境鸟。