延平郡王祠内奉祀郑成功及其部将，建筑分为照壁、供奉郑成功的正殿、崇祀太妃与宁靖王的后殿以及东西庑。一楼的建筑里陈列着史前文物；二楼建筑里以台南历史文物居多，有郑成功、沈葆桢等人的画像或遗墨。祠堂右边的台南民俗文物馆，展示有民间的艺术品、古代生物标本及古代匾碑等；此外，祠前右侧还保留着两座铜制古炮及七座铁制古炮。