贡萨寺位于海拔4300米的嘉吉阿尼噶宝山坡上，是12世纪由拔噶举派的创始人拔达玛旺秀的心传弟子秋杰次成帮巴创建，由此产生秋杰活佛转世系统。第二世秋杰索南扎巴扩建寺院并改宗为直贡噶举派。公元15世纪，五世昂旺洛楹嘉措又将该寺改宗为格鲁派寺院。