海防文化厅位于南澳总兵府内，是总兵府陈列展的一部分。展厅用视频介绍总兵府的历史，以及南澳海防的历史，另一个展厅则介绍历任总兵的事迹，以及剿灭海盗吴平的故事。

是总兵府内的一个展厅，与勤政廉政厅分列二进门的左右，面积不大，仅几十平方，中间有大电视轮播南澳岛的海战历史，两边展墙图文介绍南澳的海防建制，另一面墙则嵌有古代的总兵府界碑。虽然内容不多，但看看小小南澳岛作为闽粤共管的那段历史还是颇有趣的。