北京大运河博物馆坐落于北京城市副中心城市绿心西北部，总建筑面积约9.97万平方米，由共享大厅、展陈大楼(主楼)和休闲水街共同组成。博物馆建设设计理念源于古运河图景中的船、帆、水三个元素，以运河为线索，将历史文化融入建筑之中。共享大厅屋顶造型取自“船”，展陈大楼(主楼)屋顶造型取自“帆”。两座建筑之间的休闲水街，与展陈大楼(主楼)立面的街巷路口、篷架、门楼等元素相结合，形成一处类似于运河驳岸码头的场景。除此以外北京大运河博物馆（首都博物馆东馆）的标志以“千年大运河，流动的文化”为核心设计理念。大运河是一条承载着密集中国文化基因的大动脉，标志以“京运龙印、风帆舟楫、绵延水纹”为核心图形元素，多义共生，将中国传统文化要素中的大运河主题用生动、巧妙的视觉语言进行融合创新设计，擦亮大运河“文化名片”，打造博物馆新文化地标品牌，加强千年运河文化品牌的形象传播，向世界讲好大运河故事。